La flora y fauna es el mayor atractivo que tienen las islas, de origen volcánico este archipielago es conocido por sus numerosas especies endémicas y por los estudios de Charles Darwin que le llevaron a establecer su teoría de la evolución por la selección natural. Son llamadas turísticamente "las islas encantadas", denominación que se ganó el archipiélago en el siglo XVI por su grandiosa biodiversidad de flora y fauna, heredando el nombre por generaciones.
Las islas fueron declaradas Patrimonio de la Humanidad en 1978 por la Unesco. El archipiélago tiene como mayor fuente de ingresos el turismo y recibe 200000 turistas al año. también se ha desarrollado el turismo ecológico con el fin de preservar las especies. La región fue el hábitat de El Solitario George, el último espécimen de la especie de tortugas gigantes de Pinta, extinta el 24 de junio del 2012. Las islas también son hábitat de especies como tortugas marinas, iguanas, lagartos, cormoranes, albatros, leones marinos y pinguinos,
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